A mediados del año 2006, la Universidad EAFIT, la Universidad de Antioquia y la Alcaldía de Medellín, decidieron llevar a cabo un proyecto en conjunto, con el fin de promover en el Valle de Aburrá, el conocimiento del idioma y la cultura China.
Acordados los términos de cooperación, se suscribió en abril de 2007 la carta de intención en la Oficina para la Promoción de la Lengua y Cultura China (Hanban), y posteriormente, en febrero de 2009, durante la visita a Colombia del entonces vicepresidente chino Xi Jinping, se formalizó el acuerdo de cooperación con Hanban para establecer el Instituto Confucio de Medellín.
Hanban designó a la Universidad de Lenguas Extranjeras de Dalian (DLUFL), como la Institución educativa china que apoyaría con los docentes para la enseñanza del idioma. Finalmente en diciembre de 2009 se firma en Beijing el acuerdo de cooperación.
El 30 de abril de 2010 se inauguró de manera oficial el Instituto Confucio de Medellín, momento en el cual se acuerda que EAFIT tendría la administración del Instituto.
Actualmente, desarrolla sus actividades en dos sedes ubicadas en la Universidad EAFIT y la Universidad de Antioquia y es uno de los tres Institutos Confucio que existen en Colombia.